La historia del predio donde está Michelangelo es tan antigua como la misma ciudad que fundó juan de garay en1580. Comprendía dos lotes que terminaban en las barrancas del río de la plata. El terreno culminó en poder de los frailes dominicos alrededor de 1608. La parroquia de Santo Domingo, cuya entrada está sobre la avenida Belgrano, era parte de ese predio.

Más adelante, en ese lugar funcionó la llamada "Casa del real asiento de los ingleses", lugar donde operaban los comerciantes esclavistas de esa nacionalidad. Luego, en 1784, funcionó la aduana vieja o "de Santo Domingo", bautizada así por su proximidad a la iglesia. Allí, durante las invasiones inglesas de 1806, los soldados heridos eran curados por los frailes en la botica del predio, y los fallecidos, enterrados en el pequeño cementerio que estaba ubicado junto a la huerta de la congregación, donde hoy se ubica el pasaje 5 de julio.

Más cerca en el tiempo, el arquitecto inglés Edward Taylor construyó la nueva aduana -que tomó su apellido- sobre la barranca, detrás del fuerte. Comenzó a erigirla en 1857, y fue inaugurada en 1885, hoy es Michelangelo, aquella propiedad correspondía a la familia Huergo. Entonces, construyeron el edificio casi como se lo puede ver hoy: fue usado como depósito y, más tarde, como destilería. La fachada, por entonces, estaba sobre la cortada 5 de julio. Todavía se conserva el imponente portón de madera, elevado con respecto al nivel de la calle balcarce. También aventura una teoría: dicen que muchos cuerpos fueron devueltos a Inglaterra, pero que algunos huesos todavía quedaron aquí.

Entre los 609 objetos que fueron hallados durante las excavaciones realizadas por el arqueólogo Daniel Schavelzon y su equipo, se encontraron restos orgánicos, piedras de chispas para disparar armas de fuego, llaves, vajillas, botellas de vino y de perfume, jeringas y frascos medicinales, que probablemente quedaron allí desde entonces. Muchos de estos objetos se exhiben actualmente en el restaurante del edificio, convirtiéndolo en un sitio arqueológico notable.

El mismo ha sido reconocido por la legislatura de Buenos Aires en su reapertura como un acontecimiento histórico.

La edificación cambió varias veces en el siglo XX, hasta que en 1967 comenzó la historia de Michelangelo como emblema de la portenidad con su logo de los tres aros, que se mantuvo inalterable.